أسس المجلس الأعلى للصحــة بموجب القرار الأميري رقم (13) لسنـة 2009، ويهدف المجلس بوصفه الجهة العليا المختصة بشؤون الرعاية الصحية في الدولة إلى توفير أقصى مستوى من الرعاية الصحية، وتقديم الخدمات الصحية الوقائية والعلاجية على مستوى يحظى بسمعة دولية وتقدير عالمي، وذلك في إطار السياسة العامة للدولة، وله في سبيل تحقيق ذلك ممارسة جميع الصلاحيات والاختصاصات اللازمة لذلك، وبوجه خاص ما يلي:

1-  وضع الاستراتيجية الوطنية للرعاية الصحية في الدولة في ضوء رؤية قطر الوطنية 2030.
2- وضع سياسات واستراتيجيات الرعاية الصحية والخطط والبرامج ونظم الرقابة والمتابعة اللازمة لتنفيذ الاستراتيجية الوطنية للصحة.
3-  اعتماد الخطط اللازمة لتوفير الكوادر الطبية والصحية والإدارية، وتدريب وتأهيل الكوادر الوطنية، بالتنسيق مع الجهات المعنية في الدولة.
4- اعتماد الخطط اللازمة لتطوير ودعم البحوث العلمية في المجالات الصحية.
5-اقرار الخطط والبرامج الخاصة بالخدمات المشتركة التي تقدم لمؤسسات الرعاية الصحية العامة التي تمولها الدولة.
6- إقرار خطط وبرامج خدمات الصحة العامة للمواطنين والمقيمين.
7- تنظيم إقامة القطاع الخاص للمنشآت الصحية كالمستشفيات والعيادات والمختبرات الطبية والصيدليات، ومراكز ممارسة المهن الطبية المساعدة.
8- اعتماد معايير عالمية للترخيص لجميع مرافق الرعايةالصحية العامة والخاصة والعاملين بالمهن الطبية المساندة، ووكلاء الشركات المستوردة والمصنعة للأدوية.
9- اعتماد معايير جودة عالمية لأداء جميع مرافق ومقدمي الرعاية الصحية العامة والخاصة بالدولة.
10- إ قرار معايير عالمية لبرامج التدريب الطبي المتخصص بالدولة.
11- الإشراف على النظم التقنية للمعلومات الصحية بالدولة، ووضع أنظمة للسجلات والمعلومات الطبية باستخدام أحدث الوسائل التكنولوجية.
12- إقرار رسوم خدمات المرافق الصحية.
13- إقرار نظام استثمار أموال المجلس.
14- تعيين مجالس إدارات المؤسسات العامة للرعاية الصحية.
15- اعتماد الهيكل التنظيمي للمجلس والجهات التابعة له.
16- إصدار اللوائح الداخلية للمجلس.
17 الاقتراض من الحكومة أو المؤسسات المالية العامة أو الخاصة في الدولة أو خارجها.
18- قبول الهبات و الوصايا و التبرعات و المنح من داخل الدولة و خارجها.
19- عقد الاتفاقيات المتعلقة بالصحة العامة والبحوث والإدارة الطبية والتعليم الطبي مع الجهات والهيئات والمؤسسات المماثلة، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
20- اعتماد التعاقد مع الجهات أو الشركات التي تتعاون مع المجلس في تحقيق أغراضه، أو المساهمة فيها أو الدخول في شراكة معها.
21- اقرار الموازنة السنوية والحساب الختامي لقطاع الصحة العامة بما في ذلك الانفاق الحكومي على مرافق الصحة العامة وموازنات الجهات التي يتم تأسيسها للقيام بأنشطة متعلقة بقطاع الصحة و تمول من الدولة.
22- وضع الاستراتيجيات اللازمة لرفع مستوى الوعي الصحي ونشر الثقافة الصحية في الدولة.
23- القيام بأي أعمال أخرى يراها المجلس ضرورية لتحقيق الاستراتيجية الوطنية للصحة.
وللمجلس تفويض بعض صلاحياته للجنة التنفيذية أو الأمين العام.
ويُشرف المجلس على الجهات التالية:
1- مؤسسة حمد الطبية.
2- المستشفيات العامة ومراكز الرعاية الصحية الأولية، وغيرها من المرافق الصحية العامة.
3- المنشآت الطبية الخاصة بما في ذلك المستشفيات الخاصة والعيادات والمختبرات الطبية والصيدليات ومراكز ممارسة المهن الطبية المساعدة.

وتتألف الأمانة العامة للمجلس من الوحدات الادارية التالية:   

 1-  الإدارة العامة للشؤون الإدارية، وتتألف من الإدارات التالية:
- إدارة الشؤون الإدارية والمالية.
- إدارة تكنولوجيا المعلومات.
- إدارة الاتصال والإعلام.

2- الإدارة العامة للشؤون الطبية، وتتألف من الإدارات التالية:
- إدارة الصحة العامة.
- إدارة القومسيون الطبي
- إداره الصيدلة والرقابة الدوائية
- إدارة العلاقات الطبية والعلاج بالخارج

3- الادارة العامة لشؤون السياسات ، وتتالف من الادارت التالية :
- إدارة تمويل الرعاية الصحية والتأمين.
- إدارة سياسة تكنولوجيا المعلومات.
- إدارة الأبحاث الصحية.
- إدارة التخطيط والتقييم
وبالنظر لطبيعة المهام الموكلة إلى المجلس الأعلى للصحة، يمكن القول إن المجلس  يعتبر بمثابة ربّان الصحة للشعب القطري، فهو يتولى مهمة مزدوجة تكمن من جهة في وضع السياسات والبرامج لتحسين صحة الشعب كي يتمتع أفراده بحياة أطول وأكثر إنتاجاً، ومن جهة أخرى في وضع الأسس لقيام دولة تتمتع بالحيوية والقوة للعقود المقبلة.